Le système immunitaire a longtemps été réduit à un système d'attaque. Mais il fallait alors expliquer comment les virus et bactéries présents dans notre corps pouvaient y échapper. Le système immunitaire ne fait pas que lutter contre les microbes, il dialogue avec eux et peut décider de rendre les armes, si un microbe est bénéfique par exemple. C’est un système global de contrôle qui permet de restaurer un équilibre perturbé. Et cette fonction indispensable ne peut être remplie que parce que le microbiome est là pour stimuler, réguler, amplifier, les réponses du système immunitaire.